附着玻璃器皿上的污垢大致有两类，一类是用水即可清洗干净的，另一类则是需要用清洗剂或特殊洗涤剂才能清洗干净的。在实验中，无论附在玻璃器皿上的污垢属哪一类，用过的器皿都应立即清洗。
盛过糖、盐、淀粉、泥砂、酒精等物质的玻璃器皿，用水冲洗即可达到清洗目的。应注意，若附着污物已干硬，可将器皿在水中浸泡一段时间，再用毛刷边冲边刷，直至洗净。
玻璃器皿沾有油污或盛过动植物油，可用洗衣粉、去污粉、洗洁精等与配制成的洗涤剂进行清洗。清洗时要用毛刷刷洗，用此洗涤剂也可清洗附有机油的玻璃器皿。玻璃器皿用洗涤剂清洗后，还应用清水冲净。
对附有焦油、沥青或其他高分子有机物的玻璃器皿，应使用有机溶剂，如汽油、苯等进行清洗。若还难以洗净，可将玻璃器皿放入碱性洗涤剂中浸泡一段时间，再用浓度为5％以上的碳酸钠、碳酸氢钠或磷酸钠等溶液清洗，甚至可以加热清洗。
在化学反应中，总是玻璃器皿壁上附有金属、氧化物、酸、碱等污物。清洗时，应依据污垢的特征，用强酸、强碱清洗或动用中和化学反应的办法除垢，然后再用水冲洗干净。用酸碱清洗时，应特别注意安全，操作者应带橡胶手套防护镜；操作时要用镊子，夹子等工具，不可以用手取放器皿。
除此之外，洗净的玻璃器皿，应用毛巾将其上沾附的水擦干。
